当教会は、ハワイ・ホノルル市在、仲宗根カメ姉の沖縄滞在２年間の祈りと証しによって集会が始められ、首里バプテスト教会牧港伝道所としてセントラル・バプテスト教会の会堂にて１９６１年７月に礼拝がスタート。
宣教開始から３年半後の１９６５年１月より沖縄バプテスト連盟からの財政的援助を辞退し、自給態勢を整え、同年１０月１０日伝道所の総会において、美栄伝道所の全会員及び比屋根伝道所の一部の会員を加えて総員３２名をもって教会組織を執り行うことを決議。１０月１７日母教会である首里バプテスト教会の承認を得て、１０月３１日に教会組織会議を開催。連盟８教会の出席代議員３４名の賛成を得て、「牧港バプテスト教会」として新しい歩みを始める。＊沖縄バプテスト連盟に歴史についてはこちら
１９６６年４月、大屋忠牧師就任後、名称が「牧港バプテスト教会」から「牧港中央バプテスト教会」に改められ、翌１９６７年４月、セントラル・バプテスト教会の協力を得て、「牧港中央幼稚園」が設立される。
１９８４年６月、セントラル・バプテスト教会の支援により、「沖縄バプテストビル」を献堂。「沖縄バプテスト」へセントラル・バプテスト教会、沖縄バプテスト連盟事務所、キリスト教書店と共に移り、２階を礼拝堂、３階を幼稚園として宣教活動がなされる。
１９９７年３月、「牧港中央幼稚園」は、園児の減少とスタッフの減少に伴い休園し、２００７年に閉園することとなる。
２００５年４月、２年間の無牧師の期間を経て、菅野健太郎師を協力牧師として招聘し、２００６年１０月、按手礼を受けると同時に主任牧師として就任。２０１１年７月１７日（日）には、牧港教会宣教５０周年記念礼拝をお捧げする。
２０１４年６月、セントラル・バプテスト教会が会堂の売却と移転に伴い、当教会も会堂取得に向けて取り組み、２０１５年４月、現会堂を取得。５月から増改築を行い、２０１５年８月３０日に第１回目の礼拝をお捧げする。
２０１９年３月１８日、教会規則の認証を県庁より交付され、「牧港中央バプテスト教会」として宗教法人登記。
２０２１年１０月３１日（日）には、教会宣教６０周年記念礼拝をお捧げする。
・牧港中央幼稚園（１９６５年～１９９７年）
・牧港中央バプテスト教会歴代牧師一覧
- 調正路牧師（首里教会６１年７月～）
★ 仲宗根カメ姉（教会開拓者）
- 翁長清市牧師（６３年４月～）
- 大渕和子伝道師（63年10月20日～）
- 大屋忠牧師（66年4月10日～70年4月）
- 坂口順子牧師（67年副牧師として就任、70年4月～主任牧師 79年2月9日召天）
- エドワード・Ｅ・ボーリンジャー宣教師（81年9月13日～84年6月）
- 古波津正則牧師（79年4月～81年7月26日）
- 真壁朝貞牧師（83年4月3日～11月26日）
- ◎無牧師期間：84年7月～86年6月までの約2年間
- その間、田頭真一牧師が、協力牧師（85年9月～86年3月）として６ヵ月間奉仕
- 根間民雄牧師 （86年7月1日～90年12月25日）
- ◎無牧師期間：91年1月～92年9月までの約1年9ヵ月間
- 渡真利彦文（92年10月1日～2003年5月31日）
- 喜友名朝順 協力牧師（1995年2月～1998年5月）
- 城間祥介 代務牧師（2004年4月～2006年10月）
- ◎無牧師期間：03年6月～05年4月までの約1年10ヵ月間
- 菅野健太郎（2005年4月～2006年10月協力牧師。2006年10月主任牧師に就任 現在に至る）
- 大長幸一郎協力牧師（2017年6月～2023年3月）
・施設紹介