当教会は、ハワイ・ホノルル市在住の仲宗根カメ姉の２年間にわたる祈りと証しを通して始まりました。
1961年7月、首里バプテスト教会牧港伝道所として、セントラル・バプテスト教会の会堂にて礼拝がスタートしました。
宣教開始から３年半後の1965年1月、沖縄バプテスト連盟からの財政的援助を辞退し、自給体制を整えました。
同年10月10日の伝道所総会において、美栄伝道所の全会員および比屋根伝道所の一部会員を加え、総員32名で教会組織を行うことを決議。10月17日に母教会である首里バプテスト教会の承認を得て、10月31日に教会組織会議を開催しました。連盟8教会からの代議員34名の賛成を得て、「牧港バプテスト教会」として新たな歩みを始めました。
（＊沖縄バプテスト連盟の歴史についてはこちら）
966年4月、大屋忠牧師の就任に伴い、名称を「牧港バプテスト教会」から「牧港中央バプテスト教会」へと改めました。
翌1967年4月には、セントラル・バプテスト教会の協力を得て、「牧港中央幼稚園」が設立されました。
1984年6月、セントラル・バプテスト教会の支援により「沖縄バプテストビル」を献堂。
同ビルにセントラル・バプテスト教会、沖縄バプテスト連盟事務所、キリスト教書店と共に移り、2階を礼拝堂、3階を幼稚園として宣教活動を続けました。
1997年3月、「牧港中央幼稚園」は園児およびスタッフの減少により休園となり、2007年に閉園いたしました。
2005年4月、2年間の無牧師期間を経て、菅野健太郎師を協力牧師として招聘。
2006年10月に按手礼を受け、主任牧師として就任しました。
2011年7月17日（日）には、牧港教会宣教50周年記念礼拝をささげました。
2014年6月、セントラル・バプテスト教会の会堂売却と移転に伴い、当教会も新会堂取得に向けて歩みを進め、2015年4月に現会堂を取得。5月より増改築を行い、同年8月30日に第1回目の礼拝をささげました。
2019年3月18日、教会規則の認証が県庁より交付され、「牧港中央バプテスト教会」として宗教法人登記を完了。
2021年10月31日（日）には、教会宣教60周年記念礼拝をささげました。
・牧港中央幼稚園（１９６５年～１９９７年）
・牧港中央バプテスト教会歴代牧師一覧
- 調正路牧師（首里教会６１年７月～）
★ 仲宗根カメ姉（教会開拓者）
- 翁長清市牧師（６３年４月～）
- 大渕和子伝道師（63年10月20日～）
- 大屋忠牧師（66年4月10日～70年4月）
- 坂口順子牧師（67年副牧師として就任、70年4月～主任牧師 79年2月9日召天）
- エドワード・Ｅ・ボーリンジャー宣教師（81年9月13日～84年6月）
- 古波津正則牧師（79年4月～81年7月26日）
- 真壁朝貞牧師（83年4月3日～11月26日）
- ◎無牧師期間：84年7月～86年6月までの約2年間
- その間、田頭真一牧師が、協力牧師（85年9月～86年3月）として６ヵ月間奉仕
- 根間民雄牧師 （86年7月1日～90年12月25日）
- ◎無牧師期間：91年1月～92年9月までの約1年9ヵ月間
- 渡真利彦文（92年10月1日～2003年5月31日）
- 喜友名朝順 協力牧師（1995年2月～1998年5月）
- 城間祥介 代務牧師（2004年4月～2006年10月）
- ◎無牧師期間：03年6月～05年4月までの約1年10ヵ月間
- 菅野健太郎（2005年4月～2006年10月協力牧師。2006年10月主任牧師に就任 現在に至る）
- 大長幸一郎協力牧師（2017年6月～2023年3月）
・施設紹介